В игре Minecraft Dungeons реализованы три уровня сложности прохождения
1. Значения по умолчанию
Враги сбалансированы для первого прохождения
Очень мало зачарованных врагов
Награда средняя
2. Приключение
Врагов сложно победить и они сильно бьют
Новые вражеские чары
Награды лучше
Доступны новые артефакты и снаряжение
3. Апокалипсис
Враги сверхсильные и крайне живучие
Много врагов с мощными чарами
Награда чрезвычайно высокая
Доступно ещё больше артефактов и снаряжения
В каждом из трёх уровней сложности, реализованы внутри ещё по 7 уровней сложности прохождения